Chaque école et centre de formation professionnelle pour adultes de la CSNF a son propre conseil d'établissement, conformément au mandat du ministère de l'Éducation du Québec. Les conseils d'établissement sont composés d'un nombre égal de membres du personnel et de parents. En collaboration avec le directeur de l'école, le conseil d'établissement joue un rôle essentiel dans la détermination de l'orientation de l'école.
Les conseils d'établissement sont chargés d'approuver et de superviser un certain nombre de questions, notamment : les projets éducatifs de l'école, la mise en œuvre de la politique de réglementation de l'école, le temps alloué à chaque matière, le budget de l'école et la politique d'encadrement des élèves.